Selepas kewafatan Syeikh Ahmad pada tahun 1908 M dan ada riwayat mengatakan 1909 M di Mina, setelah Tok Kenali belajar dengan beliau selama 22 tahun. Ketika itu umur Tok Kenali 40 tahun telah pulang ke tanah melayu dengan hanya membawa dua buah kitab sahaja iaitu Tafsir Al-Khazin dan Mughni Labib (Nahu).

Sekembalinya dari Makkah dalam tahun 1909, Tok Kenali mula mengajar di rumahnya sendiri. Setelah itu, pondok pertama didirikan di Kampung Paya Kelantan. Pembinaan pondok ini menjadi pencetus kepada pembinaan pondok-pondok lain di seluruh Negeri Kelantan. Tahun 1917, beliau menjadi Ketua Guru di Masjid Besar Masjid Muhammadi, Kota Bharu Kelantan. Antara kitab dibacanya Kitab Nahu Syuzur Zahab dan Syarah Ibnu Aqil ; bab Feqah kitab Baijuri dan kitab Al-Iqna’.

Beliau menjalankan pengajaran di Masjid Tok Kenali yang pada ketika itu diperbuat daripada kayu tanpa dinding ditepinya kecuali bahagian depan mimbar untuk menyusun kitab dan Al-Quran. Kelas yang dijalankan sepenuhnya di atas masjid itu dihadiri oleh pelajar tempatan, luar negeri Kelantan dan ada yang datang dari Thailand dan Kemboja. Ditepi masjid terdapat perigi yang masih wujud sehingga kini yang menjadi tempat mandi Tok Kenali dan pelajar lelaki serta menjadi sumber air utama pelajar dan penduduk tempatan. Pondok-pondok kecil didirikan disekeliling masjid sehingga ke kampung bersebelahan yang menjadi tempat tinggal pelajar-pelajar Pondok Tok Kenali. Ada juga pelajar yang datang belajar secara harian dari daerah lain sekitar Kelantan.

Rumah Tok Kenali yang bersebelahan masjid turut menjadi tumpuan pelajar untuk memberikan khidmat kepada guru serta menghadiri majlis ilmu. Selain pelajar dari golongan remaja dan dewasa pelajar dari golongan kanak-kanak juga dihantar oleh ibubapa jauh dari negeri lain untuk belajar agama. Turut diceritakan anak bekas pelajarnya bahawa terdapat empat beradik yang masih kecil datang dari Terengganu untuk belajar agama dengan Tok Kenali. Adik bongsu beradik itu tinggal bersama keluarga Tok Kenali, dibesarkan dididik dan dilayan dengan kasih sayang sehingga mereka pulang ke negeri mereka dan menyampaikan ilmu kepada orang lain.

Setelah kewafatan Tok Kenali, pondok pengajian beliau disambung oleh anak sulungnya iaitu Haji Ahmad atau dikenali sebagai Tok Bakok dan seterusnya cucunya Ustaz Hj Mawardi bin Ahmad dan Hj Lokman bin Ahmad. Setelah agak lama sepi bermula tahun 2011 Pondok Tok Kenali telah dibangunkan semula pengajian dan infrastruktur oleh cicitnya iaitu Ustaz Muhammad Hafiz Hukmi bin Wardi.